海王星的内部(约占整个星球的三分之二)由熔岩、水、液氨和甲烷的混合物组成。外面的一层(约占整个星球的三分之一 )是由氢、氦、水和甲烷组成的气体的混合物。甲烷赋予了海王星蓝色的外观。
海王星是一颗具有几个大暗斑的动态行星,这很容易让人们想起有异常猛烈风暴的木星。旅行者号的探测发现海王星上的有一个十分巨大的斑点——大暗斑( Great Dark Spot),它和地球差不多大,与木星上的大红斑 (Great Red Spot)有些相似。旅行者号还在海王星上发现了一片小而不规则的云,它以 16小时左右的周期在海王星表面自西向东运动。这片云就像一片在一个云盖上滑动的羽毛一样。
类似地球上卷云的狭长而明亮的云带,能够在海王星的大气层高处被看见。在海王星的北半球低纬度处,旅行者号 曾经捕捉到了这些云带在它们下面的云盖上的影子。